MassLynx RAW文件分析(PLGS Threshold Inspector)是一个方便和可靠的应用程序，您可以使用分析 MassLynx RAW 文件并确定蛋白质、 最后片段和 Apex 良好离子的最大值。您可以浏览范围 Apex LE 和他设置并确定最佳的结果。
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1. 分别打开质谱、液相色谱和计算机电源，此时质谱主机内置CPU会通过网线与计算机主机建立通讯联系，这个时间大约需要1至2分钟。
2. 等液相色谱通过自检后，进入Idl状态，依照液相色谱操作程序，依次进行操作。（具体根据液相色谱不同型号来执行，下面以2695为例）。a.打开脱气机 (Degasser On)b.湿灌注(Wet Prime)。c. Purge Injector。d. 平衡色谱柱。
3. 双击桌面上的 MassLynx 4.0图标进入质谱软件。
如果进入Masslynx软件时出现提示：“The embedded system is not responding， The system willrun in standalone mod”， 则说明质谱内置的CPU(EPC)与电脑主机的通讯联系还未建立，此时无法控制质谱，请稍等后再进入软件，如果打开软件仅为处理数据则没有关系（质谱主机电源未时进入软件也会有同样提示）。
