FASTA(核酸与蛋白序列同源性比对软件)，在Internet上有许多的在线FASTA查找服务，查找某数据库中的同源序列。也可下载后离线使用。将一条序列与另一条序列进行比较或在数据库中查找同源序列并输出。
蛋白质的磷酸化与糖基化对蛋白质的功能影响很大，所以对其的分析也是生物信息学的一个部分。
同时，分子进化方面的研究表明，蛋白质的不同区域具有不同的进化速率，一些氨基酸必须在进化过程中足够保守以实现蛋白质的功能。在序列模式的鉴定方面有两类技术，第一类是依赖于和一致性序列（consensus sequence）或基序各残基的匹配模式，该技术可用于十分容易并快速搜索motif数据库。
核酸是由许多 核苷酸聚合成的 生物大分子 化合物，为生命的最基本物质之一。核酸广泛存在于所有动植物 细胞、 微生物体内，生物体内的核酸常与蛋白质结合形成 核蛋白。不同的核酸，其化学组成、核苷酸排列顺序等不同。根据化学组成不同，核酸可分为 核糖核酸（简称 RNA）和 脱氧核糖核酸（简称 DNA）。DNA是储存、复制和传递 遗传信息的主要物质基础。RNA在 蛋白质合成过程中起着重要作用——其中转运核糖核酸，简称 tRNA，起着携带和转移活化 氨基酸的作用； 信使核糖核酸，简称mRNA，是合成蛋白质的模板； 核糖体的核糖核酸，简称 rRNA，是细胞合成 蛋白质的主要场所。
蛋白质是生命的物质基础，没有蛋白质就没有生命。因此，它是与生命及与各种形式的生命活动紧密联系在一起的物质。机体中的每一个细胞和所有重要组成部分都有蛋白质参与。蛋白质占人体重量的16%~20%，即一个60kg重的成年人其体内约有蛋白质9.6~12kg。人体内蛋白质的种类很多，性质、功能各异，但都是由20多种氨基酸按不同比例组合而成的，并在体内不断进行代谢与更新。
