MOIL(免费分子模型建模软件)，免费三维分子模型建模软件。
MOIL(免费分子模型建模软件)是一款功能强大的，易于使用的 FBLD（Fragment Based Lead Discovery 基于分子片段的药物研究）与 SBDD（structure-baseddrugdesign，基于结构的药物设计）平台。
1、能量最小计算：能量最小化计算考察分子的稳定结构，或通过软件提供的MOPAC、Jaguar， GANESS及Gaussian的接口，进行从头计算或半经验计算，甚至NMR，IR或Raman光谱的预测，其中MM2-对分子进行初步的能量最小化计算，MOPAC-半经验算法， MMFF94-12.0版本新增加力场，而GAMESS、 Jaguar好Gaussian-从头计算。
2、ChemBio3D能够计算分子更多的物化性质，以平面进行旋转，计算能量最小构造，以下图为例，图A是最低能量构造侧视图，图B是最低能量构造俯视图，图C是分子所在两个平面的夹角对能量的影响。
三种能量最小构造
3、物化性质计算：ChemBio3D可计算分子更多的物化性质。ChemProp Pro包括固有变量计算，如沸点、临界压力、温度和体积、亨利定律常数、熔点、蒸汽压和水溶性等。ChemPro Std包括形式电荷、几个Connolly变量、准确质量、椭圆度等。CLogP Driver能够计算提供摩尔折射率和分配系数，支持GAMESS程序接口、Jaguar程序接口、MOPAC程序接口。另外，Molecular Topology可用于测量分子拓扑学的诸多方面，包括Balaban指数、Cluster Count、一些旋转键、形状系数、拓扑直径和其它参数等。
1、该分子模型软件支持生成分子坐标（PDB格式）；
2、支持设定电子密度；
2、支持MSMS表面数据；
3、支持apbs静电势图。
