VIZARD(分析和显示Affymetrix基因芯片数据)是一款教育教学软件!VIZARD(分析和显示Affymetrix基因芯片数据),基因芯片技术的特点是使用寡聚核苷酸探针检测基因。前一节使用ReadAffy函数读取CEL文件获得的数据是探针水平的(probe level),即杂交信号,而芯片数据预处理的目的是将杂交信号转成表达数据(即表达水平数据,expression level data)。存储探针水平数据的是AffyBatch类对象,而表达水平数据为ExpressionSet类对象。
TAIR,NASCarray 和 EBI 都有一些公开的免费芯片数据可以下载。本专题使用的数据(Exp350)来自NASCarray,也可以用FTP直接下载。下载其中的CEL文件即可(.CEL.gz),下载后解压缩到同一文件夹内。该实验有1个对照和3个处理,各有2个重复,共8张芯片(8个CEL文件)。
为什么要进行芯片质量分析?不是每个人做了实验都会得到高质量的数据,花了钱不一定就有回报,这道理大家都懂。
芯片实验有可能失败,失败的原因可能是技术上的(包括片子本身的质量),也可能是实验设计方面的。芯片质量分析主要检测前者。
体积小,但功能强大。界面非常清爽,简单易操作。
基因(遗传因子、遗传基因)指携带有遗传信息的DNA序列,是控制性状的基本遗传单位,亦即一段具有功能性的DNA序列。基因通过指导蛋白质的合成来表达自己所携带的遗传信息,从而控制生物个体的性状表现。人类约有两万至两万五千个基因。染色体在体细胞中是成对存在的,每条染色体上都带有一定数量的基因。一个基因在细胞有丝分裂时有两个对列的位点,称为等位基因,分别来自父与母辈。按照其控制的性状,又可分为显性基因和隐性基因。一般来说,生物体中的每个细胞都含有相同的基因,但并不是每个细胞中的每个基因所携带的遗传信息都会被表达出来。不同部位和功能的细胞,能将遗传信息表达出来的基因也不同。