轻松学用生物软件是一个多平台开源软件，主要目的是协助缺乏生物信息学经验的分子生物学家管理、分析和可视化他们的数据。UGENE在一个常见用户界面中整合了广泛使用的生物信息学工具。该工具包支持多种生物学数据格式，并允许从远程数据来源检索数据。
它提供了生物学对象（例如带注释的基因组序列、下一代测序（Next Generation Sequencing，NGS）装配数据，多重序列比对，系统发生树和三维结构）的可视化模块。大部分整合的算法被调整以通过使用多线程和专用处理器指令发挥最大性能。UGENE包括一个可视化环境以创建能够在本地资源或在一个高性能计算（High Performance Computing，HPC）环境中启动的可重用流程。UGENE使用Qt框架以C++编写。内置的插件系统和结构化UGENE API使得可以用新的功能扩展该工具包。
unipro是一个多平台开源软件，其主要目标是帮助分子生物学家在生物信息学中没有太多的专业知识来管理、分析和可视化他们的数据。ugene集成了广泛使用的生物信息学工具在一个通用的用户界面中。该工具包支持多种生物数据格式，允许从远程数据源检索数据。它提供了生物对象的可视化模块，如注释的基因组序列、新一代测序汇编数据。
1、基因芯片综合分析软件。
ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。
Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro， imagepro一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。
phoretix™ Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。
J-express 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。
2、 基因芯片阅读图像分析软件
ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。
3、 基因芯片数据分析软件
Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster）分析与其它各种处理的软件。
SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，EXCEL软件的插件，由Stanford大学编制。
4．基因芯片聚类图形显示
TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。
Freeview 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了某些功能。
5．基因芯片引物设计
Array Designer 2.00 DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具。
